截至2017年末，通州区共有医疗卫生机构446个，其中，医院、镇卫生院和社区卫生服务中心共39个，社区卫生服务站和村卫生室256个；执业医师和执业助理医师2436人，注册护士2486人。截至2017年末，通州区拥有医疗标准床位6008张。全年诊疗病人511.35万人次，出院病人17.38万人次。建立居民电子健康档案93.18万份。