2015年7月，通州区整合高中教育资源，对金沙中学、二甲中学、姜灶中学（通州市姜灶中学）、石港中学（南通市通州区石港中学）等四所学校高中部进行整合，整合后的学校搬入通州高级中学老校区；刘桥中学高中部整体并入平潮高级中学；江苏省通州高级中学整体南迁。2015年7月13日，通州高中整体搬入新校区；2015年7月15日，通州高中老校区完整交给新金沙中学。

　　截至2017年末，通州区拥有幼儿园62所，小学43所，初中25所，高中4所，职业学校3所，特殊教育学校1所。幼儿园在园在托幼儿24794人，小学在校学生50586人，初中在校学生22963人，高中在校学生9113人，各类中等职业教育在校学生3581人，特殊学校在校学生251人。全区幼儿入园率97.65%，小学入学率100%，小学毕业率100%，初中毕业生升学率99.72%，毕业率100%。全区专任教师高一级学历占比分别为：高中研究生率10.25%，初中本科率98.5%、职中本科率99.7%、小学本科率85.01%和幼儿园大专率97.3%。2017年，通州区63所学校通过南通市义务教育现代化学校验收，占所有义务教育学校数的92.6%。